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神庭洞窟遺跡は約5万年前に眼下を流れる荒川によって、石灰岩の下部にある比較的柔らかな片岩部が侵食されて形成されたものです。こうした洞窟は天然の住居として古くから人々に利用されてきました。神庭洞窟は過去、三回の調査によって縄文時代から近世に至るまでの遺物が確認されており、極めて長期間にわたって人々が継続的に移り住んでいたことが明らかとなりました。特に縄文草創期の石器(石槍・掻器)と共に発見された隆起線文土器は、日本最古の土器群の一つでもあります。この洞窟は石灰岩洞窟であり、そのために動物等の骨が良好に保存されていました。人骨をはじめ、サル、クマ、イノシシ、ウサギ、タヌキ、カモシカ、リス、ムササビ、そして魚類の骨が発見されました。