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五條文化博物館近くの金剛山の中腹の森にひっそりと佇み、高野山真言宗の山岳寺院です。創建は不詳ですが、飛鳥時代から奈良時代の呪術者であり修験道の開祖として尊崇される役小角(えんのおづぬ)の草創と伝えられています。本尊の薬師如来坐像は平安時代の作とされ重要文化財です。また境内の北側には収蔵庫が建てられ、薬師如来立像、聖観音菩薩立像、不動明王坐像、十二神将像、役行者(役小角)像など多数の仏像が安置されています。2010年平城遷都1300年祭には特別公開され相当の人で賑わいましたが、通常は本堂も収蔵庫も非公開なので予約が必要です。また、この地にはその昔大きな龍が住み着き村を荒らした為、数珠を投げつけ退治したという伝説があり、村人達は祟り恐れその時3つに切断された龍が落ちた場所に、それぞれ龍頭寺、龍胸寺、龍尾寺を建てて厚く弔ったとされ、この3つの寺を併合したのが草谷寺だと言われています。草谷寺の裏山には経文塚「龍尾塚」、そこから更に登った標高830メートルの所には「龍胴塚」、龍頭寺(旧草谷寺)跡のすぐ北の尾根上には「龍頭塚」が残されています。