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江戸時代、現在の東別院あたりに東本願寺末寺の真勝寺というお寺があり、住職の不行跡をめぐって争いが起き、末寺11ケ寺と門信徒1300人とともに西本願寺派に転宗しようとしたため、1743年に江戸の寺社奉行大岡越前守忠相の裁きを受けることになりました。その結果、真勝寺は幕府が没収し、東本願寺に下げ渡されることになりました。これに対して西派は正名寺を現在地に移し、本山に差し上げて東別院を造営することになりました。両派が競った結果、細い道路を挟んで東西別院が並び建つ、全国的にも稀な門前町が造られました。その後、両別院は九州御坊と呼ばれ、七堂伽藍も整備されました。西別院の現本堂は、九州最大規模、全国でも屈指の木造建築です。