時代は飛鳥時代中期の乙巳の変（645年）にまでさかのぼります。蘇我蝦夷・入鹿親子を政権の中枢から退けた政変で、その後中大兄皇子（後の天智天皇）と中臣鎌足が政治の実権を掌中にします（近年、乙巳の変の首謀者は中大兄皇子ではなかったとする説も提唱されています）。翌年には改新の詔を発して大化の改新に着手した中大兄皇子ですが、663年、朝鮮半島での同盟国百済の再興のために新羅、唐の連合軍と対峙した白村江の戦いで大敗の後、近江大津宮（現在の滋賀県大津市）に遷都し、その地で即位します。遷都の理由は、奈良では天智天皇の内政改革に抵抗する豪族の勢力が強かったためとも言われます。

そして672年、天智天皇の崩御後、後継皇位をめぐり古代史最大の内乱「壬申の乱」が勃発します。天智帝の弟（諸説あり、異父兄とも、兄弟ではないともいわれる）の大海人皇子（後の天武天皇）と、天智天皇の第一皇子の大友皇子、叔父と甥との骨肉の争いは大海人皇子の勝利におわり、大友皇子は自害します。
すると大海人皇子は、近江宮を即座に飛鳥浄御原宮へと遷都してしまいます。都はわずかの間に奈良盆地へと再び戻ったのでした。この後、奈良時代の末期になるまで、都は奈良盆地に、そして皇位は天武帝の系譜で受け継がれ、天智系の血筋は権力の中枢から排除されることになったのでした。しかし、天武系の聖武天皇の後継に男子が育たず、娘である阿倍内親王が孝謙天皇として即位すると、逆臣の怪僧として夙に名を知られる弓削道鏡が政治権力の中枢に食い込み、一端退位して称徳天皇として重祚（ちょうそ・再度の即位）した後は、道鏡への寵愛と依存関係はより強くなり、道鏡は皇位をもうかがうようになったと伝わります。
宇佐神宮偽神託事件などを通じて道鏡が失脚し、称徳天皇も崩御すると、跡継ぎのなかった称徳帝の後の皇位をめぐり、排除されてきた天智系皇族にチャンスがめぐってきました。天智天皇の孫にあたる白壁皇子が光仁天皇に、その息子の山部王が後をついで桓武天皇となります。曽祖父・天智天皇の意思を継ぐように、桓武帝は天武帝の支配地である奈良盆地を後にし、山背国へと出立したのです。