江戸幕府が、江戸時代を通じて式日と定めていたのが「五節供」（現在の節句）です。陰暦の人日(じんじつ・一月七日)、上巳(じょうし・三月三日)、端午(たんご・五月五日)、七夕(しちせき・七月七日)、重陽(ちょうよう・九月九日)を避邪（ひじゃ）の日、すなわち旬の草木を供えたり食べたり体に擦り込んだりすることで、邪気を祓う行事をおこなう祝日と定めました。ひな祭りの桃も、そして端午の節句の菖蒲や蓬も、ここからきたものです。
明治政府は、明治5（1872）年、旧暦から太陽暦（グレゴリオ暦）への改暦を布告、これにともない翌年「今般改暦ニ付人日上巳端午七夕重陽ノ五節ヲ廃シ （暦を改めるのに伴い、人日・上巳・端午・七夕・重陽の五節句を廃する）」との太政官布告を発しました。
もちろんこれはあくまでも五節句の祝日を廃止する布告にすぎず、民間で五節句を祝うならわし自体を禁じたものではありません。でも人々は、もう祝ってはならなくなった、と受け止め、布告を境に節句の行事や習俗はことごとく廃れ、衰退することになったのです。七草粥も雛人形も、七夕祭りも菊花酒や秋雛も、です。それでも細々と存続した室内人形飾りとちがい、安永年間（1772～81）の江戸中期にはすでに登場し、江戸後期にはより隆盛を見せるようになっていたこいのぼりを含めた外幟（そとのぼり）は一挙になくなってしまったのでした。

それから約二十年後の明治27（1894）年の「幼年雑誌」では「五月五日は端午の節句と称し今より二三十年前迄東京に於ては男児ある家にて各々我家の定紋附けたる幟及び鍾馗（しょうき）を画きたる幟、紙若くは巾（ぬの）きれにて造りたる鯉の幟を家の外に立て又家の内にも小幟、冑人形、青龍刀抔などを飾り祝ひたるものなり、現今に於ても鯉幟を立て又は座敷幟（ざしきのぼり・室内に飾る小幟）を飾る家ありと雖（いえども）往時の如く盛にはあらず」と、「わずかに残る珍しい古いしきたり」のように説明しています。こいのぼりになじみのない読者のために「紙もしくは布で作った鯉の幟」とわざわざ解説しているとおり、一時期こいのぼりが絶滅していたこともわかります。
とはいえ、この記事の明治20～30年代ごろから、徐々にこいのぼりが復活し始めていたようなのです。これは、その時代のある大きな出来事、つまり日清戦争（1894～1895）が関係していました。
国内では日本の軍隊拡大強化に伴い、男子に勇猛・勇敢さを求める機運が高まり、それを仮託したこいのぼりや鎧兜などの風習が見直されはじめたのでした。この傾向は、10年後の日露戦争（1904～1905）でますます拍車がかかり、大正2（1913）年には「こいのぼり」の唱歌が登場します。

ゆたかに振（ふる）う　尾鰭には 物に動ぜぬ姿あり
百瀬（ももせ）の滝を　登りなば 忽（たちま）ち竜に　なりぬべき
わが身に似よや　男子（おのこご）と

なんとも勇ましい歌詞ですね。