新幹線と在来線のレールを切り替えるポイント（分岐器）にも、北海道ならではの工夫がされています。
北海道新幹線のポイントは10カ所。それぞれに屋根（スノーシェルター）を設けて降雪の影響を抑えますが、これは、新幹線の本線用では、北海道がはじめての設置です。
さらに、列車から落ちた雪や氷の塊がポイントに挟まらないように、レールそのものにも仕掛けがあります。
まずは、エアジェット式除雪装置。ポイントに、圧縮した空気を吹きつけて、雪や氷を吹き飛ばします。新青森より南では、高圧の温水を吹きつけていますが、北海道のような気温が低い厳寒の地では、温水だけでは溶けきらないことも考えられます。そこで採用されたのが、エアジェット方式です。この方式の原形は現在、北海道の在来線101カ所で使われているので、技術の実績があります。
また、ポイントの下にはコンクリートで箱型の空間（ピット）を設け、そこに雪を落としこみます。ピットの底には電気融雪マットが敷いてあるので、エアジェットで吹き飛ばした雪を溶かすことができます。このピット方式は、96年にJR北海道が開発したもので、現在、在来線で63カ所に設置されています。
スノーシェルター、エアジェット式ポイント、ピット式ポイント、これらはどれも、新幹線で採用されるのは、北海道新幹線がはじめてです。

《参考：北海道新聞2015年12月16日号「走る最先端 北海道新幹線の安全対策(2) 雪との闘い」》